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Description
Wie in vielen experimentellen Techniken stellt die Mikroskopie Wissenschaftler im Forschungsalltag vor große Herausforderungen – sind durch sie generierte Daten- und Metadatenformate und -inhalten doch häufig umfangreich und komplex. Dies erschwert die effiziente Handhabung, Verarbeitung und Analyse dieser Daten, sowie einen reibungslosen Projektabschluss für Wissenschaftler und trägt nicht zu Wiederauffinden, Zugänglichkeit, Interoperabilität und Wiederverwendung (kurzum zur FAIRness) der Daten bei.
In unserem Workshop stellen wir kurz die vom nationalen Konsortium NFDI4BIOIMAGE bereitgestellten Dienste zur Unterstützung der FAIRen Datenhandhabung in der Mikroskopie der Lebenswissenschaften vor. Dabei fokussieren wir uns auf das Konzept und die aktuellen Entwicklungen sogenannter Next-Generation File Formats (Dateiformate der nächsten Generation, kurz NGFFs) als standardisierten, aber flexiblen und skalierbaren „Container“ für Mikroskopiedaten und deren Metadaten vielfältiger Art, Struktur und Ursprungs.
Im praktischen Teil des Workshops nutzen wir öffentlich verfügbare Datensätze aus Repositorien der Community, erkunden diese und zeigen Optionen zur Konvertierung in das OME-Zarr-Format. Dieses aktiv von der Community entwickelte Dateiformat standardisiert Daten und Metadaten basierend auf dem OME-Datenmodell des Open Microscopy Environment (OME) Teams. Wir demonstrieren die Visualisierung solcher stark segmentierter Datensätze, optimiert für die S3-Speicherung, mithilfe web-basierter Visualisierungs-Tools.
Der Workshop richtet sich von Data Stewards an alle: beispielsweise WissenschaftlerInnen, Studierende, FDM-unterstützendes oder IT-Personal. Vorkenntnisse sind nicht erforderlich. Wer Interesse an aktiver Beteiligung am Workshop hat, kann sich (muss aber nicht) nach Anmeldung zum Workshop zusätzlich kurz bei unserem Helpdesk per Email zum Erhalt weiterer Vorab-Informationen melden (helpdesk@nfdi4bioimage.de, Betreff: ‘Teilnahme am Workshop FDMatCampus2026’).